Niestety, zdrowie Gottloba poważnie nadszarpnęła praca w hucie. Rodziciel zapewnił mu więc kurację w Karlsbadzie. Doszło wtedy do wizyty młodego Wernera we Freibergu, która zadecydowała o jego dalszej drodze życiowej, a zwłaszcza o przyszłej karierze zawodowej.
Po serdecznej rozmowie z ojcem wyjechał w roku 1769 do Freibergu i rozpoczął edukację na tamtejszej Akademii Górniczej. Był studentem ambitnym i pilnym, co szybko dostrzegli jego wykładowcy.
W roku 1771 Werner opuścił Freiberg i wyjechał do Lipska. Tam intensywnie uczył się języków, prawa i historii naturalnej. Już wtedy zauważył, że w literaturze mineralogicznej nie ma dostatecznie przejrzystej systematyki minerałów. Jako student wydał więc w roku 1774 w Lipsku pracę, w której usystematyzował minerały według zasad, zastosowanych przez Linneusza dla roślin i zwierząt. Dzieło to szybko zyskało rozgłos i stało się zalążkiem jego naukowej kariery.
Potem na krótko powrócił jeszcze do Osiecznicy na początku 1775 roku i pracował przy boku ojca. Już na Wielkanoc roku 1775 objął jednak we Freibergu katedrę mineralogii oraz stanowisko inspektora Akademii Górniczej i rozpoczął tam wykłady.
Saksonia doceniła zasługi Abrahama Gottloba Wernera. W roku 1792 powierzono mu obowiązki Królewskiego Saskiego Radcy Komisji Górniczej, zaś od roku 1799 pełnił on zaszczytną funkcję Królewskiego Radcy Górniczego. Mianowano go też członkiem wielu akademii nauk, a w roku 1816 odznaczony został Krzyżem Rycerskim saskiego Orderu Zasługi i Wierności.
W roku 1788 odmienny od Wernera pogląd na temat pochodzenia bazaltu głoszony przez jego ucznia Johanna Carl Wilhelma Voigta. zapoczątkował spór tak zwanych neptunistów, uważających większość skał za powstałe w morzu utwory osadowe, z plutonistami. Ci ostatni części skał przypisywali pochodzenie wulkaniczne. W sporze tym, wbrew wynikom kolejnych badań, autorytet Wernera długo nie dopuszczał do uznania teorii platonistów za prawdziwą.
Ze względu na kłopoty ze zdrowiem Werner niemal każdego roku przybywał do Karlsbadu na kuracje. W połowie roku 1817 lekka niedyspozycja spowodowała, że wyjechał do Drezna na konsultację do tamtejszych lekarzy. Nieoczekiwanie jednak doszło wtedy do radykalnego pogorszenia stanu zdrowia, zakończonego 30 czerwca zgonem naukowca. Po śmierci ciało Wernera spoczęło w katedrze we Freibergu.
Spór neptunistów z plutonistami zakończyli uczniowie Wernera, Humboldt i Buch, po odejściu swego mistrza stając zdecydowanie po stronie zwolenników wulkanicznego pochodzenia bazaltu i innych skał magmowych. .
Bodaj największa zasługą Wernera pozostaje wyodrębnienie geologii jako odrębnej dyscypliny nauk przyrodniczych. Niewątpliwie jest więc on „ojcem geologii”. Chociaż na nowej, dwujęzycznej tablicy, wmurowanej w ścianę do dzisiaj zachowanego w Osiecznicy domu jego narodzin tekst mówi jedynie o „współtwórcy współczesnej mineralogii i geologii”. Odsłonięto ją 24 września 1999 roku z okazji 250 – lecia urodzin naukowca.
Nieco wcześniej, na początku tegoż roku pod tynkiem domu Wernera znaleziono ukrytą tam dziewiętnastowieczną tablicę pamiątkową. Niestety, przed jej zachlapaniem zaprawą skuto dokładnie wszelkie umieszczone na niej napisy
Warto w tym miejscu przypomnieć, że już w latach osiemdziesiątych podjęto próbę umieszczenia na historycznym budynku polskiej płyty okolicznościowej. Koordynatorem całego przedsięwzięcia był ówczesny rektor Akademii Górniczo-Hutniczej w Krakowie, prof. dr hab. inż. Antoni S. Kleczkowski. Wykonano nawet z mosiądzu dużą tablicę według projektu plastyka Zbigniewa Woźniaka.
Zrealizowanie tego godnego zamiaru uniemożliwiły jednak zarządzenia ówczesnych władz politycznych istniejącego wtedy Województwa Jeleniogórskiego. Nie pomogła tu „bratnia przyjaźń” z DDR-em...
